É nas áreas de encosta do concelho que podemos encontrar uma maior diversidade de espécies vegetais e animais. As florestas naturais de carvalhos, salgueiros, amieiros, av
eleiras e outras espécies de árvores constituem a vegetação natural de máxima complexidade e são produtoras de elevada biomassa.Ponte de Lima possui extensas áreas de carvalhal, a vegetação florestal natural mais representativa do concelho. Os carvalhais de encosta são praticamente dominados pelo carvalho-alvarinho, no entanto, outras espécies se encontram facilmente, entre elas, o azevinho, o sobreiro, a hera, a madressilva, a dedaleira e a flor-de-viúva. Também certos musgos e líquenes podem ser encontrados nestas áreas, sendo a sua presença um indicador do bom estado de conservação deste habitat.
As bermas das estradas, os muros das orlas dos campos, as construções em xisto ou granito, assim como, os afloramentos rochosos e os matos rasteiros (consequência dos fogos e do pastoreio de passagem), constituem áreas de menor importância ecológica no concelho, mas fornecem abrigo a um conjunto de espécies que encontraram, nestes locais, as condições ideais para a sua sobrevivência. Estas espécies são, maioritariamente, constituídas por musgos e vegetação menos densa e de menor porte.
Desfrutando de uma densa rede hidrográfica, o concelho tem sistemas húmidos que albergam também uma riquíssima diversidade biológica e que suportam comunidades de seres vivos fundamentais na regulação dos fluxos hídricos. A vegetação que sobretudo coloniza estes sistemas é, entre outros, o amieiro, o salgueiro, o sabugueiro, a junca-dos-rios, o feto-real, o junco-dos-bosques, o loureiro e os louriçais.
Ponte de Lima acolhe espécies de elevado valor para conservação, entre elas,
posso indicar o feto-do-botão, pois existe em Portugal apenas no Norte e com fraca distribuição. Cito também o pequeno arbusto espinhoso Genista ancistrocarpa e a ciperácea Rhynchospora modesti-lucenno. Segundo o Livro Vermelho da Flora Vascular Espanhola, estão em perigo de extinção. Apesar de só existirem em habitats raros, em Ponte de Lima estas espécies encontram-se ainda bem representadas
No entanto, devido a deterioração da qualidade da água e do leito, são os ambientes aquáticos do concelho que mais preocupam, pois encerram várias espécies de briófitas listadas na Lista Vermelha Ibérica. Por exemplo, a Radula holtii, a Racomitrium lusitanicum e a Porella pinnata.
As Lagoas de Bertiandos e S. Pedro de Arcos em muito contribuem para a protecção da biodiversidade e do equilíbrio ecológico do concelho, pois albergam mais de uma dezena de habitats naturais.
Se é real que existem espécies presentes no concelho que se podem extinguir, é verdade também que Ponte de Lima está a ser alvo de uma invasão de flora vascular exótica. O género Acacia é o mais problemático relativamente à flora exótica infestante, já que, coloniza ambientes florestais depois de um incêndio mais rapidamente que outra vegetação, dificultando outras espécies de invadirem o seu habitat.
Por outro lado, nas áreas rurais e urbanas, caracterizadas por uma maior intensidade da presença humana, Ponte de Lima tem uma paisagem diversificada, mas com baixos níveis de biodiversidade. Como é o caso de grande parte da Veiga do Lima (zona centrada no vale do rio Lima e nas partes terminais dos seus afluentes), pois é a área onde os solos são mais férteis, estando intensamente ocupados e explorados para actividades produtivas (em especial, a
agricultura e a produção florestal).
Em resumo, os diversos tipos de ecossistemas presentes no concelho têm importantes funções ecológicas e ambientais, o que justifica a definição de estratégias de gestão que façam o compromisso entre a conservação da biodiversidade e a sustentabilidade global do território.
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